December 12, 2017, Tuesday

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1011 - Bioinformatica (LM) - Homework n. 2

Contents

Indicazioni generali

Ogni studente deve presentare un diverso lavoro che può scegliere tra quelli elencati sotto, oppure liberamente nei tre volumi suggeriti (WABI 2010, RECOMB 2010, CPM2010). La versione elettronica del lavoro scelto è accessibile dalla rete d'ateneo o attraverso il proxy d'ateneo che è possibile configurare come indicato al link https://servizi.campus.unimib.it/appls/help/biblioproxy/biblioproxy_help.asp. In caso di problemi, una copia elettronica del proprio articolo viene fornita, previa richiesta alla Prof. Bonizzoni.

La stesura della relazione e delle slides è individuale. In particolare è tassativamente richiesta l'aderenza alla traccia e il rispetto della lunghezza massima. Verrà premiata un'esposizione sintetica ma completa e precisa.

Si ricorda che COPIARE non è lecito ed è contro l'onestà dello studente e della persona e, inoltre, vanifica lo sforzo del docente di impostare una prova d'esame che lasci più tempo e autonomia di pensiero. Il docente si riserva la facoltà di effettuare quanto necessario per verificare che l'homework sia stato affrontato secondo queste indicazioni.

Si ricorda che è obbligatorio comunicare al docente per email se si intende sostenere questa prova (pena il suo annullamento).

Per le comunicazioni con il docente relative a questo corso (nonché per la consegna) e indicare SEMPRE come oggetto della mail la scritta BIOINFORMATICA11. Questo facilita la classificazione delle mail e riduce i rischi di fraintendimento. Si ricorda, inoltre, che i filtri antispam delle caselle di posta del dipartimento talvolta identificano come spam email che non provengono dal dominio campus.unimib.it. Utilizzate, quindi, la casella di posta ufficiale di ateneo per le vostre comunicazioni, di modo che i filtri antispam non impediscano erroneamente la corretta ricezione delle stesse.

La consegna dell'approfondimento deve essere effettuata per email alla docente Prof. Bonizzoni e in copia a Raffaella Rizzi (rizzi(a)disco.unimib.it). Si raccomanda di attenersi alle disposizioni qui contenute (ad es. per il contenuto dell'oggetto delle email) al fine di evitare spiacevoli equivoci.


Indicazioni sull'approfondimento

Preparare una presentazione di non più di 10 slides e una relazione scritta di al più 2 pagine strutturata come segue.

  • Introduzione al problema biologico -motivazioni-: in che ambito biologico si colloca il problema? perché il lavoro è importante?
  • Il problema computazionale -definizione formale-: input-output, classificazione del problema (ottimizzazione, decisione), cosa c'è in letteratura (ci sono già studi/soluzioni di carattere computazionale relativi a questo problema)?, quali risultati originali vengono presentati da quel lavoro rispetto al problema trattato?
  • Complessità del problema e soluzione algoritmica: quali algoritmi vengono proposti? Si tratta di algoritmi euristici o esatti? Che tecnica algoritmica (ad es., Programmazione Dinamica, Greedy, etc.) viene impiegata? Come si classifica il problema rispetto alla complessità computazionale in tempo o spazio? Che strutture dati vengono utilizzate?
  • Sperimentazione: descrivere la sperimentazione, quali dati sono stati utilizzati e valutare i risultati prodotti. Come si comporta questo lavoro rispetto alla letteratura esistente?
  • Conclusioni: sintetizzare il contributo originale del lavoro in una riga. Come giudichi il lavoro letto in termini di originalità, chiarezza, organizzazione e presentazione a dei risultati?
  • Bibliografia: che referenze (citazioni) ritieni significative per capire l'articolo? La presentazione deve seguire lo schema della relazione. La relazione deve riportare esplicitamente i punti (a)-(f).


Riferimenti bibliografici

  • Denis Bertrand, Yves Gagnon, Mathieu Blanchette, and Nadia El-Mabrouk. Reconstruction of Ancestral Genome Subject to Whole Genome Duplication, Speciation, Rearrangement and Loss. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 78-89. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_7. (Assegnato a Lorenzo Gironi).
  • Marília D. V. Braga, Eyla Willing, and Jens Stoye. Genomic Distance with DCJ and Indels. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 90-101. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_8.
  • Bonnie Kirkpatrick. Haplotypes versus Genotypes on Pedigrees. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 136-147. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_12.
  • Miklós Csürös, Szilveszter Juhos, and Attila Bérces. Fast Mapping and Precise Alignment of AB SOLiD Color Reads to Reference DNA. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 176-188. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_15. (Assegnato a Marco Sironi).
  • Kristian Stevens, and Dan Gusfield. Reducing Multi-state to Binary Perfect Phylogeny with Applications to Missing, Removable, Inserted, and Deleted Data. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 274-287. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_23. (Assegnato ad Anna Paola Carrieri).
  • Christos Kozanitis, Chris Saunders, Semyon Kruglyak, Vineet Bafna, and George Varghese. Compressing Genomic Sequence Fragments Using SlimGene. In B. Berger editor, Proceedings of 14th International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), 2010, volume 6044 of Lecture Notes in Computer Science, pages 310-324. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-12683-3_20. (Assegnato a Francesco Tormene).
  • Tsvi Kopelowitz. The Property Suffix Tree with Dynamic Properties. In A. Amir and L. Parida editors, Proceedings of 21th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), 2010, volume 6129 of Lecture Notes in Computer Science, pages 63-75. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-13509-5_7.
  • Wing-Kai Hon, Rahul Shah, and Jeffrey Scott Vitter. Compression, Indexing, and Retrieval for Massive String Data. In A. Amir and L. Parida editors, Proceedings of 21th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), 2010, volume 6129 of Lecture Notes in Computer Science, pages 260-274. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-13509-5_24. (Assegnato a Marco Nobile).


Elenco studenti con relativo approfondimento

  • Fabrizio Bernardi
    • Magnus Bordewich, and Radu Mihaescu. Accuracy Guarantees for Phylogeny Reconstruction Algorithms Based on Balanced Minimum Evolution. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 250-261. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_21.
  • Anna Paola Carrieri
    • Kristian Stevens, and Dan Gusfield. Reducing Multi-state to Binary Perfect Phylogeny with Applications to Missing, Removable, Inserted, and Deleted Data. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 274-287. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_23.
  • Lorenzo Gironi:
    • Denis Bertrand, Yves Gagnon, Mathieu Blanchette, and Nadia El-Mabrouk. Reconstruction of Ancestral Genome Subject to Whole Genome Duplication, Speciation, Rearrangement and Loss. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 78-89. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_7.
  • Marco Nobile:
    • Wing-Kai Hon, Rahul Shah, and Jeffrey Scott Vitter. Compression, Indexing, and Retrieval for Massive String Data. In A. Amir and L. Parida editors, Proceedings of 21th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM), 2010, volume 6129 of Lecture Notes in Computer Science, pages 260-274. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-13509-5_24.
  • Marco Sironi
    • Miklós Csürös, Szilveszter Juhos, and Attila Bérces. Fast Mapping and Precise Alignment of AB SOLiD Color Reads to Reference DNA. In V. Moulton and M. Singh editors, Proceedings of 10th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI), 2010, volume 6293 of Lecture Notes in Computer Science, pages 176-188. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-15294-8_15.
  • Francesco Tormene:
    • Christos Kozanitis, Chris Saunders, Semyon Kruglyak, Vineet Bafna, and George Varghese. Compressing Genomic Sequence Fragments Using SlimGene. In B. Berger editor, Proceedings of 14th International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB), 2010, volume 6044 of Lecture Notes in Computer Science, pages 310-324. Springer, 2010. Available from World Wide Web: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-12683-3_20.